忍者神龟是一种变异生物，从小就远离人类生活，生活在下水道里。然而，掌握绝世武功的他们却向往外面美丽的世界。当神秘反派超级苍蝇想要毁灭城市时，同样不被人类接受的四只小乌龟选择站出来。